La historia se centra en dos hermanos, Edward Elric y Alphonse Elric que rompieron el mayor tabú de la alquimia, la trasmutación humana al tratar de revivir a su fallecida madre; en consecuencia Edward pierde su pierna izquierda y Alphonse pierde todo su cuerpo, Edward para salvar a su hermano sella su alma en una gran armadura de hierro a cambio...
Tras perder a su madre, Alphonse y Edward Elric tratan de revivirla usando la ciencia prohibida de la alquimia humana. Sin embargo, la alquimia opera bajo la teoría del cambio equivalente y romper el tabú de la alquimia humana acarrea un alto precio. Ed pierde una de sus piernas y Al su cuerpo. Ed logra sellar el alma de Al dentro de una gran arm...
Dos años han pasado desde que Edward se sacrificara para poder resucitar a su hermano Alphonse y que llegara nuestro mundo. Hasta entonces, Edward a estado intentando volver a su mundo estudiando sobre cohetes y el viaje al espacio, creyendo que así volverá a su mundo. Mientras, Alphonse viaja por su mundo buscando la manera de poder recuperar a...
Melvin Penal, cumpliendo su condena en la cárcel de la ciudad central de robo, escapa de la cárcel, y viaja hacia el oeste. Ed y Al se dedican a perseguirlo a la ciudad de Milos, donde se encuentran a una misteriosa niña Julia Criton, miembro de una organización llamada "Murciélago Negro".