La historia se situa en una ciudad japonesa cuyo nombre no es mencionado, un mes después de que un pilar de luz apareció en la oscuridad de la noche cinco años antes de una serie de asesinatos. Boogiepop Phantom contiene una gama de personajes, en su mayoría estudiantes de escuela secundaria, que son testigos del inciden...
Keiji Takeda está esperando a su novia, Touka Miyashita, una chica menor de su escuela. Cuando la chica no aparece, él intenta comunicarse con ella pero no lo logra, así que cuando cae el sol, decide rendirse en la búsqueda y regresar a casa. Es entonces cuando se encuentra con un extraño hombre que vaga por la calle con lágrimas en los ojos,...
