Uchuu Senkan Yamato 2199

Es el año 2199. La última flota de la Tierra va a una misión en Plutón donde es destruida por alienígenas. El Almirante Okita es herido al cumplir la mision llamada "Operación M", donde el objetivo era distraer al enemigo y cambiar su posición. En la misión murió el hermano de Kodai Susumu, un joven soldado que en Marte encuentra un dispositivo que al parecer lleva un mensaje. Mientras tanto el Almirante Okita no se rendira hasta liberar a la humanidad de este enemigo extraterrestre que lucha con ellos desde hace ocho años.