Basara se desarrolla en Japón, unos 300 años después de un gran desastre ocurrido entorno a los años 90. Tras el desastre, la humanidad y la civilización se desvanecieron, y Japón, como país en una isla, quedó aislado y muy deteriorado. El clima cambió, y algunas zonas se transformaron en desierto, mientras que otras se llenaron de extrañas criaturas. Pero al principio del manga, no estamos seguros de qué partes de Japón cambiaron, y cómo, excepto el lugar donde la protagonista (una chica llamada Sarasa) creció. Ese lugar, el pueblo de Hyakko, al norte de Shikoku, se convirtió en un desierto, y allí es donde se desarrolla la historia. Sarasa es la hermana gemela de un chico llamado Tatara, quien según las profecías sería quien liberaría al pueblo de la opresión. La opresión de la que se habla en la historia es la de los reyes tiranos que luchan entre sí por el contról del Japón; cada uno controla un sector, pero ninguno ha sido capaz de reinar sobre los demás. Uno de ellos, el Rey Rojo, descubre esta profecía y envía un ejército a destruir el pueblo. Aquí empieza la historia.
